
Ensenada, B.C.- Viernes 14 de noviembre de 2025.- El Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada (CICESE) anunció un avance que posiciona a la institución —y a México— en la frontera mundial del diseño molecular: la creación, totalmente por computadora, de un péptido antibacteriano funcional mediante una herramienta inédita llamada Key Cutting Machine (KCM).
El logro ocurrió en el Laboratorio de Biología Computacional del CICESE, donde investigadores desarrollaron una metodología capaz de diseñar moléculas terapéuticas de manera más rápida, precisa y accesible que los modelos de inteligencia artificial convencionales, los cuales suelen requerir grandes bases de datos, múltiples GPUs y altos costos de entrenamiento.
A diferencia de los modelos generativos, la plataforma KCM utiliza un enfoque basado en optimización, lo que permite generar una secuencia totalmente nueva replicando la función de una molécula original, sin necesidad de copiar su composición.
De acuerdo con el doctor Carlos Alberto Brizuela Rodríguez, líder del proyecto, el sistema funciona “como una máquina que copia llaves”:
“Si conoces la forma de la llave que necesitas, puedes fabricar una nueva que encaje perfectamente, aunque esté hecha con un diseño completamente distinto”.

La herramienta trabaja mediante un algoritmo de estimación de distribución capaz de evaluar y rediseñar miles de secuencias potenciales tomando en cuenta criterios energéticos, geométricos y fisicoquímicos. Cada propuesta es comparada con el objetivo molecular hasta lograr una “copia” optimizada, lista para pruebas de laboratorio.
El péptido diseñado mostró propiedades altamente prometedoras: actividad antibacterial contra múltiples cepas clínicas, estabilidad estructural y eficacia en condiciones fisiológicas. Para validar el alcance del hallazgo, el CICESE colaboró con especialistas de la Universidad de Pensilvania, donde se realizaron pruebas in vitro y estudios preclínicos en un modelo de infección en ratones.
El resultado: un desempeño comparable al de antibióticos comerciales, un hito significativo considerando que la molécula nació únicamente de cálculos computacionales.
El estudio fue publicado por la revista Nature Machine Intelligence, una de las más importantes del mundo en inteligencia artificial aplicada. El artículo completo, titulado “Tailored structured peptide design with a key-cutting machine approach”, puede consultarse aquí:
👉 https://www.nature.com/articles/s42256-025-01119-2
Participaron en la autoría Yan C. Leyva, Marcelo D.T. Torres, Carlos A. Oliva, César de la Fuente y Carlos A. Brizuela. Tres de ellos están directamente vinculados al CICESE como estudiante de doctorado, egresado de maestría e investigador titular, demostrando la capacidad formativa y científica del centro ensenadense.
Además de su potencia antimicrobiana, el artículo destaca que la tecnología KCM permitirá el diseño de proteínas de novo, es decir, moléculas completamente nuevas, no presentes en la naturaleza. Estas podrían utilizarse en áreas como fármacos, vacunas, biología sintética, ciencia de materiales e ingeniería de proteínas.
El método, al no requerir supercomputadoras, abre la puerta para que laboratorios de menor escala puedan diseñar moléculas de alta complejidad sin depender de infraestructura costosa.
Este avance coloca al CICESE y a Ensenada en una posición estratégica dentro de la ingeniería molecular global, mostrando que México puede generar ciencia de vanguardia con impacto directo en la salud y la innovación biotecnológica.





